Projektowane obszary sieci NATURA 2000 znajdujące się na terenie Nadleśnictwa Czerniejewo:

Dolina Cybiny PLH300038:

Obszar ten obejmuje dolinę rzeki Cybiny, w biegu której znajdują się na terenie Nadleśnictwa 2 eutroficzne jeziora: Iwno i Góra oraz trzy kompleksy stawów rybnych. Dno doliny wysłane jest torfami niskimi porośniętymi zbiorowiskami oczeretów, szuwarów, zarośli wierzb, olsów i łęgów.

Grądy w Czerniejewie PLH300049:

Obszar ten obejmuje leśne siedliska przyrodnicze wymagające szczególnej ochrony. Należą do nich: grąd środkowoeuropejski, lasy łęgowe i nadrzeczne zarośla wierzbowe, łęgowe lasy dębowo - wiązowo - jesionowe.

Ostoja koło Promna PLH300030:

Obszar ten obejmuje część Parku Krajobrazowego Promno, w którym wystepują dobrze zachowane, zbliżone do naturalnych siedliska przyrodnicze m.in.: twardowodne oligo- i mezotroficzne zbiorniki z podwodnymi łąkami ramienic, murawy kserotermiczne ze stanowiskami storczyków, starorzecza i inne naturalne zbiorniki wodne, łąki trzęślicowe, dąbrowy acidifilne, torfowiska nakredowe.

Dolina Średzkiej Strugi PLH3035:

Obszar ten obejmuje dolinę Średzkiej Strugi z dnem doliny zajętej przez zbiorowiska łąkowe, pastwiskowe, szuwarowe oraz olsy. Jest to miejsce licznego występowania kumaka nizinnego, ropuchy zielonej oraz wielu gatunków ptaków wodnych i błotnych.